Bahagian Kewangan diketuai oleh Setiausaha Bahagian Kewangan yang bertanggungjawab menyelia tiga seksyen iaitu Seksyen Belanjawan, Seksyen Perolehan dan Seksyen Akaun. Ketiga-tiga Seksyen ini bertanggungjawab dalam menguruskan hal-ehwal kewangan Kementerian.
Bahagian Kewangan memainkan peranan yang penting di dalam Kementerian ini dalam penyediaan belanjawan di peringkat Kementerian, Jabatan dan juga Agensi di bawah MOSTI. Bahagian ini juga bertanggungjawab dalam mengedali dan memproses perolehan kerja, bekalan dan perkhidmatan Kementerian bagi tender terbuka, tender terhad, sebut harga, rundingan terus dan pembelian terus. Selain itu, segala urusan bayaran di bawah bajet mengurus dan pembangunan juga diuruskan oleh Bahagian ini.