Unit Audit Dalam Kementerian Sains, Teknologi dan Inovasi (MOSTI) mula beroperasi pada tahun 2004. Penubuhan Unit Audit Dalam adalah selaras dengan Pekeliling Perbendaharaan Bilangan 9 Tahun 2004. Unit Audit Dalam MOSTI bertanggungjawab menjalankan pengauditan terhadap pengurusan wang awam, sistem ICT, program dan aktiviti yang dilaksanakan di bawah MOSTI dan agensi-agensi di bawahnya.
Unit Audit Dalam MOSTI bertanggungjawab terus kepada Ketua Setiausaha Kementerian Sains, Teknologi Dan Inovasi. Di bawah penstrukturan semula Kementerian, UAD MOSTI telah menerima waran perjawatan yang baru berkuatkuasa pada 1 Julai 2016. Di bawah perjawatan baru, kakitangan Unit Audit Dalam adalah sebanyak 18 orang yang terdiri daripada seorang Ketua Unit Audit Dalam Gred W54, seorang Timbalan Ketua Audit Dalam Gred W48, 2 jawatan Juruaudit Gred W44, 2 jawatan Juruaudit Gred W41, 2 jawatan Penolong Juruaudit W36, 4 jawatan Penolong Juruaudit Gred W32, 4 jawatan Penolong Juruaudit Gred W29 dan 1 jawatan Setiausaha Pejabat Gred N29 dan 1 jawatan Pembantu Tadbir Perkeranian/Operasi Gred N19.